当前各地在推进医疗服务信息化推进过程中依然存在一些问题。首先是项目建设在部分区域仍存在着上级单位或主管部门缺乏长期的规划，以及双向沟通机制，导致各家医院各自探索，独立发展，而一旦有统一的要求又须推倒重来，出现翻烧饼现象等情况。
其次，“重硬件轻软件、重建设轻运维”的现状也严重影响了卫生信息化建设的应用效益和可持续性发展。国外医院信息系统建设的费用分配比例为软件:硬件:人员培训和咨询费用=1∶1∶1，而根据对上海市的调研显示，医院卫生信息化建设费用分配比为：软件+人员培训和咨询费用:硬件约=4∶6。外省市在这方面情况基本相似。在软件和人员方面的低投入造成的严重后果就是软件质量粗糙、运行维护困难等问题。
第三，资金的使用效益也不尽人意，面子工程、低水平重复建设、损失浪费等现象令人触目惊心。调研发现，部分因信息化的推广而有利于促进新医改目标实现的利民工程，实际建成后因缺乏相关配套政策，推广困难，医务人员遵从率很低。根据上海申康医院发展中心的统计报告，上海市34家市级医院对同类诊疗信息提醒系统（检查结果互认、重复用药提醒）统计显示：（1）重复用药：2012年5月重复用药实际警示154,261次，重复用药警示率为71.12%，医生遵从率仅为7.12%；其中综合医院警示率为70.48%，医生遵从率为7.89%；专科医院警示率为61.45%，医生遵从率为5.81%。（2）重复检验：2012年5月重复检验实际警示19841次，重复检验警示率为85.62%，医生遵从率为4.67%；其中综合医院警示率为89.09%，医生遵从率为1.32%；专科医院警示率为73.4%，医生遵从率为18.04%。（3）重复检查：2012年5月重复用药实际警示312次，重复检查警示率为57.56%，医生遵从率为3.21%；其中综合医院警示率为52.88%，医生遵从率为3.21%；专科医院警示率为63.16%，医生遵从率为4.49%。此外医联体预约挂号号源利用率仅为33.56%，医联调阅功能也很少被使用。
重复用药及重复检验检查医务人员遵从率很低的问题，原因主要有：第一，医务人员普遍认为，各医院的检验检查技术力量水平参差不齐，检查结果没有统一的技术标准，难以在各医院之间共享；第二，法律责任问题无法明确，万一出现医疗纠纷，检验结果将成为重要的依据，哪家医院来承担这个法律责任，目前没有相关法规来厘定；第三，受市场经济利益驱动，医务人员和医药生产流通企业之间的直接利益关系，通过重复用药或重复检查牟取私利。
调研还显示，对于电子健康档案系统，各地的关注点往往聚焦在如何补充完善健康档案信息，按时完成上级任务，而对于如何真正用活电子健康档案缺少思考。健康档案建成后实际使用率低，“建的多用的少”使得信息更新滞后，导致该项目成效大打折扣。
为此建议：
1、推动省（市）级层面卫生与其他行业信息共享
目前，健康档案信息整合仅包括医疗机构内的临床诊疗和公共卫生服务。真正实现健康档案全人、全时、全程覆盖，还需要其他行业的共同配合。调查发现，在跨部门合作的项目中常见的问题有两种：第一，各部门仍坚持各自为政的监管模式，遇到问题响应速度慢，影响项目的整个进度。第二，双方缺少沟通，由于行业的限值对某些专业术语理解不同，导致系统开发完成后才发现与需求不符，造成了不必要的损失。
为此建议省（市）级政府层面在推进各行业之间的信息共享协同的同时，对于跨行业合作的项目应当引入科学的管理机制。首先，合作各方应从思想上深刻认识到合作是为了互补,形成协同的工作方式，实现合作双方的共赢。其次，应明确共同的战略目标和跨部门合作的具体任务，最后，跨行业合作需要有效的领导力，最好的方法之一是成立项目领导小组。
2、推动各省（市）卫生系统信息整合共享
一是加速健康网工程建设，逐步形成“大卫生信息网络”，逐步拆除一个个卫生“信息孤岛”。健康信息网工程下一步工作中，应当加速各地市数据上传与信息共享的进程。二是鼓励医院根据卫生部下发《卫生信息共享文档规范》要求，以ISO/HL7标准化文档传输方式替换现有的以接口对接进行数据交互的传统方式，从根本上解决卫生数据互联互通的问题。三是推动各地方特色卫生标准的研制与推广，加强标准化应用评估与考核。四是对于新建项目必须由各地市级卫生信息中心参与其中，包括公司选择、需求调研、项目例会、项目验收等阶段，以保障新建系统能满足区域数据共享的需求。
3、推动全省（市）范围检验检查结果互认，加强对医生重复用药、重复检查的监管
要推动检验检查结果互认，将利民工程落到实处，首先要统一技术标准，此外，应明确各方责任，并充分考虑例外情形，如因病情变化，已有的检验、检查结果难以提供参考价值的(如与疾病诊断不符合等)、患者或其亲属要求做进一步检查的等可不列入互认范围或不受互认限制。同时，加强医保、医政监管，对重复用药及重复检查，不但进行提示，而且系统将自动关闭开此药或此项检查项目的功能，如确实有需要，必须写明原因，由质控部门审核后才可使用，并须向上级管理机构说明原因。将医保定点药房纳入监管，有效避免重复用药和重复检查，并制订处罚机制。