1947年2月，农工党中央在上海召开第四次全国干部会议，决定改党名为“中国农工民主党”。此后农工沪市党部委员会也于1947年2月正式成立，推举曾伟、申葆文、黄伦、李健生、胡淼年、许士林、万芸七人组成。农工党中央指派中央组织部副部长曾伟担任沪市党部委员会主任委员。
1947年10月间，国民党反动派下令解散民主同盟，加紧迫害民主人士。11月，农工党中央被迫从上海撤退到香港，沪市党组织全部转入秘密工作，1948年初，农工党中央驻沪办事处改组为华东局委员会，虞键任农工党华东局委员兼组织委员会委员。同年5月，曾伟奉召去香港工作，上级决定由虞键代理上海市党部主任委员，领导华东地区的秘密工作。
当时沪市党部委员会根据斗争需要成立了工人运动委员会。工委会由许士林兼任主任委员（1948年，许士林因利群书报案被捕，由彭明接替许士林负责的工委会工作）。为了加强基层组织工作，在全市成立了东、南、西、北、中和国民党后勤部被服总厂等六个区级中心小组，每区负责人领导若干小组。在被服厂沪北分厂、徐汇区警察局、虹口区政府内分别成立小组，在郊区的顾村、大场、嘉定也成立了小组。
1949年2月，农工党中央向全党发出指示：大力开展城市的民主活动，组织人民迎接解放。上海市党部贯彻中央指示，密切配合中共地下组织，把工作重点转移到迎接上海解放。
鉴于反动派的败局已定，市党部指示工人运动委员会把“护厂”作为中心工作，工委会在有农工党组织或党员的联勤总部被服厂、中纺厂、电信修造厂、申新厂、顺昌石粉厂、恒丰纱厂等工厂中进行动员，印发《工人怎样迎接胜利》的小册子，号召职工“为迎接全面解放而努力”，在群众中提出“护厂第一、护厂活命”、“工人不离机器”的口号，调集一切可能集中的力量保护国家财产，迎接解放的到来。
最值得一提的是对国民党政府军联勤总部被服总厂和分厂的保护，这是一家有着1.5万余名职工和大量机械设备的军需工厂，亦是农工党反蒋地下斗争的一个重要据点。沪北分厂总的负责人为万芸，总厂方面成立一个中心小组负责人为马星伟同志。当时万芸在被服总厂担任总工程师，与总厂厂长周济文是老同事，周对万的才能及正直的为人非常赏识尊重。当时被服厂正需要大批的技术人员和工人，万芸作为农工党地下领导人之一，凡通过农工组织推荐来的农工党党员及有关系的人员，万均一一安置到被服总厂，先后约有十数人。1947年5月，被服厂要增建一个沪北分厂，周济文委派万芸去担任沪北厂主任，万顺势向周济文推荐了彭明，周便委任彭为沪北分厂总务课课长，随万芸去沪北厂进行筹建工作。
沪北厂正式开工后，虞键和彭明又陆续介绍了一批农工党党员，经万芸报请总厂批准，进入沪北厂，分派在课室和工场车间担任课员或工长之职。之后万又在沪北厂介绍了几位中层干部加入了农工党，彭明也发展了几位，总厂方面马星伟的中心小组也先后发展过一些人，前后安排进被服总厂和沪北分厂的农工党员总数约在百人左右。
农工党党员们在被服厂以万芸为首以伪职作掩护，从事反蒋地下斗争。而这一斗争的目标，组织上明确指出，不是搞破坏，而是骗得信任，达到最后将工厂完整无损地保护下来的目的。
在被服厂的地下斗争是充满着危险的，被服厂中层干部有百余人，政治面貌极为复杂，有从部队转业下来的，其中有属于军统系统下来的，如沪北厂工务课课长徐树芳就是身负着特工任务，所以必须倍加小心，提高警惕，不能暴露农工党党员身份。为了确保万芸同志的安全，组织上规定，其他所有农工党党员在厂内均不准与他联系农工党党务工作，由彭明作为桥梁承上启下，沟通情况。
尽管农工党的地下工作者们处处小心，但也遇到过好几次危急情况。一天万芸去总厂出席每周一次的厂务会议，上海警备司令部的特工突然来到被服总厂找到万芸，声称有一个共党份子隐藏在你们沪北厂，勒令万要负责交出此人。万芸立即估计他们是从大路到沪北厂，于是自己骑上摩托车从小路抢先赶到沪北厂，立即将彭明叫去，要他速去找到王建范（农工党党员），叫王立即清理宿舍内一切会引起嫌疑的书报信件等，并将之处理掉，人不必离去。彭明刚安排妥当，警备司令部人就到了，万让彭将王唤来，交给他们带走。第二天，万又让彭前往监狱，送去日用物品和食物，要彭暗告王不必着急，不要乱讲什么，他们在现场查不到可作证的东西，不能把你怎么办，要他放心，万芸会设法营救他出来。果然万芸马上去找周济文，因没有什么把柄，由周出面将王建范保释出来。事后，万芸说，如不将王交出，“跑得了和尚跑不了庙”，万自己定将暴露出来，那岂非是大大的损失。从此事可以看出，万芸遇事沉着冷静，又有着丰富的斗争经验和智慧。
还有一件事情，也充分显示了万芸的智慧。当时在东北战场惨败的国民党东北“剿匪”总司令陈诚以养病的名义回到上海，陈担任军委会政治部主任时万芸曾是他的属下，于是万芸要彭明买好一些高级点心水果和鲜花，在沪北厂内故意放出万芸要携带这些礼品前往看望老上司陈司令的消息，这样让沪北厂内的人都认为万有党国要人为他撑腰，后台很硬。由于万芸在沪北厂做了很多事情，在职工群众中有极高的威望，被视为民主厂长，特工徐树芳一直觉得到万芸不像他们国民党官僚的作风，所以他罗列了许多万有共党嫌疑的线索，向伪经理署告了一状。谁知由于周济文对万的信任和友谊，加上万芸身上也有几重可以乱真的保护色，再说徐也找不到什么有力的人证物证，这张状纸反而辗转到了万芸的手里。在一次厂务会议上，万当众拍桌指名徐妄图诬告他，告之要拔出手枪来对付，吓的徐树芳夺路而逃，此事也就不了了之了。
被服厂最终能毫发无损的保护下来，离不开万芸等一批农工党党员们在那几年中的不断运作。为了在工人中宣传民主革命思想，万芸在新建立的沪北厂内，首先成立了一个工人文化学习班，招收一批志愿学习文化的青年工人，聘请了王建范以及万芸在育才中学任教时教过的学生高嘉担任教员，万芸和彭明也去上过中国近代史等含有革命启蒙的课程。由于军需工厂不准许成立工会组织，经研究后，从工人文化学习班中选拔出十多名要求进步，愿为大众做事的工人，发起成立“工友自治会”。万芸亲自草拟出“工友自治会”的章程，内中特别强调“工友自治会”不参加一切政治活动，以工人自治、从事工人福利事务为宗旨，因此很快就获得总厂报请经理署批准，通过分布在各车间的农工党党员，物色出可靠的工人代表组成“工友自治会”。正式成立时，举行了隆重的仪式，万芸以沪北厂负责人的身份致词向工友自治会祝贺。这个工友自治会表面上协助工厂行政办好食堂膳食，监督工厂对各车间每月废品碎布指标出售的一应手续，并监督这笔用之于工人福利款项的使用状况，实际上成为农工党在沪北厂的一个外围组织，也是一支可靠的护厂力量。
万芸除了担任农工党地下市党部领导工作，还参加了爱国将领冯玉祥先生创办的以“利他社”命名的社会进步组织，顾名思义，“利他社”是为社会、人民大众服务的一个社团。著名的教育家陶行知先生等许多社会知名人士都是“利他社”的会员，万芸也介绍了周济文加入了这个组织，通过这种潜移默化的方式影响着周济文，为将来周接受农工党的策反，留沪不去台湾，最终把被服厂完整地保护下来埋下了伏笔。
经过几年的悉心经营，被服厂几乎已完全处在农工党组织的领导之下。为最后顺利地将总厂以及分厂的财产毫发无损地保护下来，回归到人民手里奠定了坚实的基础。
进入1949年，解放军节节胜利，北平和平解放，大军已横渡长江，黎明即将来临。期间农工党却遭到巨大的不幸，曾伟、虞键等同志不幸被捕，申葆文同志继任他们的工作，来领导工委会。
曾、虞两位领导人被捕后，彭明立即紧急通知各地区组织，以防万一，并要求各自加紧对所在的工厂、学校、企业的保护工作，不让反动派迁移和破坏。陈茆谷、孟时庆、朱伯贤等此时经常到沪北厂联系工作。
此时除了各地区的工运工作，对被服总厂和沪北厂的护厂工作更是加强部署。那时南京已经解放，总厂厂长周济文看到大势已去，买好飞机票打算一走了之。万芸同志及时与申葆文同志研究决定，以万与周之间的私交关系（周与万曾在军委会政治部同事过，周对万一直很信任），向周亮出农工党身份，做他的思想工作。事先万芸叫彭明在八仙桥青年会定好西菜，以万芸、申葆文名义邀请周济文吃饭，严北溟教授以农工党中央领导的身份，与周济文推心置腹交谈，晓以大义，让其莫再作蒋家王朝的殉葬品了。周被完全劝服，退了飞机票，留在上海，万芸以身家性命保证周全家的安全。周提出一切护厂之事都由万芸同志全权负责。当时伪经理署企图将被服厂搬迁去台湾，在万芸的领导下，沪北厂以工人自治会出面联合被服总厂那边以马星伟同志为首的农工中心小组组织总厂的工人，推出代表向伪经理署提出条件，并日夜守在工厂门口，保护工厂机器和财产的安全，终于阻止了企图迁厂去台湾的企图。就这样被服厂完全掌握在了农工党组织之手，最终使工厂完好无损地留在了新中国的土地上。